□ 쟁점사항 

토지와 건물을 일괄공급하고 매수인이 건물을 철거하고 다세대주택을 신축하는 경우로서 토지와 건물의 실지거래가액이 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우에 실지거래가액을 그대로 공급가액으로 인정하는지 아니면 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 보는지 여부가 쟁점임.

사업자가 건물을 구입할 때 부가가치세를 부담하고 세금계산서를 발급 받아도 그 건물을 철거하고 토지만 사용하거나 그 토지에 새로 건물을 신축하는 경우 건물 구입시 부담한 매입세액은 토지의 조정 등을 위한 자보적 지출에 관련된 매입세액(부법 39조 1항 7호)이므로 매출세액에서 공제되지 아니한다. 이에 따라 매수인은 건물에 대한 부가가치세를 가급적 부담하지 않으려고 할 것이므로 건물의 공급가액을 법령에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 나게 낮춰도 되는지가 이 사례의 핵심.

■사전-2022-법규부가-0299[법규과-846], 2022.3.15

고시언을 운영하던 사업자가 고시원(토지, 건물)을 매수인이게 일괄 양도하며 계약상 구분된 토지와 건물의 가액이 기준시가로 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있지만 매수인이 매매특약사항에 의하여 토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 건물의 공급가액은 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 및 같은 법 시행령 제64조 제2항 제2호에 따라 실지거래가액으로 하는 것이나 이에 해당하는 지 여부는 사실판단할 사항입니다. 

□ 시사점

사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우 종전에는 실지거래가액을 공급가액으로 하고, 실지거래가액의 구분이 불분명한 경우에는 법령으로 정하는 방법으로 안분계산한 금액을 공급가액으로 하였다. 그 당시 과세당국은 사업가가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 일괄양도하면서 계약서에 토지 및 건물가액을 구분 표시하되, 건물가액은 없는 것으로 하고 양수인이 양도받은 건물을 철거한 경우 매매계약 체결 당시 건물철거가 예정되어 있고, 실제 철거되었고, 계약서에 구분표시된 건물의 가액(0원)이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하고 인정되는 경우에는 건물의 공급가액은 0원으로 보았다(기획재정부 부가-267, 2012.5.24. ; 사전 2016법령해석부가-0419,2016.10.6. ; 사전 2018법령해석부가-0729,2018.11.28.)

그런데, 2018.12.31.부가가치세법을 개정하여 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 법령으로 정하는 방법에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 나는 경우에는 법령으로 정하는 방법에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다는 규정을 신설하였다(부법 29조 9항). 신설된 규정은 아무런 예외 규정을 두지 않아 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물을 구분할 수밖에 없는 경우에도, 철거가 예정되어 건물의 재산적 가치가 없는 경우에도 실지거래가액이 법령으로 정하는 방법으로 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있으면 법령으로 정하는 방법으로 안분계산한 금액으로 공급해야 하는 불합리한 문제가 발생하였다. 이에 따라 2021.12.8.에 부가가치세법을 개정하여 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우와 토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 핟로ㅗㄱ 하는 예외규정을 신설하였다.

사전-2022-법규부가-0299[법규과-846],2022.3.15.에서는 다세대주택을 신축하기 위하여 고시원 건물을 철거하는 경우이므로 건물의 실지거래가액이 부가가치세법 시해령 제64조에 따라 안분계산한 금액과 30% 이상 차이가 있는 경우에도 그 실지거래가액을 그대로 인정한다고 해석 하고 있다.